В 1929 году был создан Заводоуковский лестранхоз, введён в эксплуатацию Заводоуковский элеватор Всесоюзного общества «Союзхлеб». В 1930 году основан Новозаимский зерносовхоз (в 1960 году был преобразован в ОПХ НИИСХ Северного Зауралья). 13 ноября 1939 года получил статус рабочего посёлка в составе Ялуторовского района. В годы Великой Отечественной войны Заводоуковск дал приют тысячам эвакуированных. Среди них были фронтовики, проходящие лечение в эвакогоспитале № 3519, развёрнутом в 1941 — 1944 годах на базе туберкулёзного санатория. Тогда же в Заводоуковск была эвакуирована юная поэтесса Юлия Друнина