В Заводоуковск было эвакуировано ОКБ-1 Воронежского авиационного завода (КБ А. С. Москалёва), разработавшее здесь первый советский реактивный самолёт БИ-1. Также в Заводоуковск была переведёна Московская спецшкола ВВС, в которой обучались будущие космонавты Владимир Михайлович Комаров и Лев Степанович Дёмин. 9 июля 1959 года Заводоуковск передан в Новозаимский район. 26 апреля 1960 года преобразован в город районного подчинения. В городскую черту были включены деревни Глазуново и Сокольники, Колмаковская Заимка и др. 28 апреля 1962 года город передан в Ялуторовский район. 14 января 1963 года передан в административное подчинение Ялуторовскому горсовет